San Carlos se incorporó oficialmente a la Liga Deportiva en 1987, temporada en la que llegó a la final del torneo, instancia en la que cayó a manos de Rivadavia.
Al año siguiente, el elenco verde, que ya dirigía Miguel Ángel Guarneri, se consagró campeón al derrotar en la definición a Vilaltella y Valls. Ese campeonato tuvo la particularidad que todos los semifinalistas fueron clubes de Capitán Sarmiento porque también clasificaron a esa etapa Sarmiento y Ayacuá.
Poco tiempo después, como Rivadavia renunció a representar a la Liga en el Torneo del Interior de 1988, fue San Carlos el que ocupó dicha plaza y aprovechó muy bien la oportunidad porque redondeó una buena actuación (fue segundo en su grupo detrás de Atlético de Baradero) y acumuló una buena experiencia para afrontar la competencia regional de la temporada siguiente.
Para 1989 Miguel Guarneri reforzó el plantel que había ganado el campeonato local con la incorporación del arquero Daniel D’Amore (Pergamino), de los zagueros Carlos Balbarani (Deportivo Armenio), Daniel Biaín, Gustavo Semino y Ruben Pistrini (Ayacuá) y de los volantes Robustiano Rivero, Daniel Gudiño (Arrecifes), Adrián Godoy, Oscar Di Santo (San Patricio), José Luis Acuña y Juan Carlos Piovani (Sarmiento).
Estos nombres de destacada trayectoria, más el golero de River Plate Gabriel Russel, se sumaron a los hombres de la casa: Walter Bernasconi, Raúl Maruelli, Héctor Verdún, Jorge Mayor, Aníbal Gómez, Héctor Villalva, Norberto Anabitarte y los por entonces juveniles Gabriel Girón y Diego Mastriaco.
El conjunto verde, que jugó de local en el viejo estadio de Unidos en Sarmiento, avanzó tres rondas dejando en el camino a instituciones muy reconocidas en la zona: Independencia (San Pedro), Argentino (Chacabuco), Jorge Newbery (Lujan) y El Frontón (Liga Mercedina). En la última etapa se enfrentó con Juventud Obrera de Pergamino y Argentino Oeste de San Nicolás, que en su plantel tenía a Nelson Vivas, un lateral que más tarde jugó en Boca Juniors y River Plate.
A lo largo de todo el certamen tejió una durísima rivalidad con Atlético de Baradero, ya que disputaron entre si nada menos que seis partidos porque ambos fueron avanzando juntos, fase por fase.
San Carlos, en una campaña memorable, terminó en el sexto lugar de toda la Provincia de Buenos Aires, con 6 triunfos, 6 empates y 6 derrotas.